Испания, 1944 год. Среди горных лесов Наварры партизаны ведут отчаянную борьбу против фашистского режима. В это неспокойное время юная Офелия, десятилетняя мечтательница с богатым воображением, прибывает вместе с беременной матерью Кармен в военный лагерь. Их принимает отчим девочки, капитан Видаль — безжалостный офицер армии Франко, одержимый идеей уничтожить повстанцев любыми средствами.
Однажды Офелия находит рядом с домом таинственный заброшенный лабиринт, где встречает волшебную фею. Та приводит её к Фавну, хранителю подземного царства. Древнее существо открывает девочке невероятную тайну: она — потерянная принцесса магического королевства, которую ищут веками. Чтобы вернуться домой, Офелия должна до полнолуния выполнить три испытания, храня свою миссию в строжайшей тайне ото всех.